Kritik umum yang dilontarkan terhadap “Indiana Jones dan Kerajaan Tengkorak Kristal” berkisar pada CGI yang meluap-luap, terutama yang berkaitan dengan aktor non-manusia. Beberapa set piece yang menonjol dari trilogi aslinya menampilkan hewan hidup, memberikan tingkat realisme ekstra. “Raiders” memiliki adegan lubang ular yang ikonik, “Temple of Doom” melihat terowongan navigasi Indy dan perusahaan yang dipenuhi dengan serangga merayap yang tak terhitung jumlahnya, dan “The Final Campaign” menampilkan ratusan tikus hidup yang harus dihadapi Indiana. Efek binatang praktis merupakan elemen integral dalam movie aslinya.
Tetapi dengan CGI berkuasa pada saat “Crystal Cranium,” hewan asli digantikan oleh animasi yang dimulai dengan adegan pertama, yang secara mencolok menampilkan seekor anjing padang rumput CGI yang dengan penasaran menyelidiki ras antara remaja Amerika dan agen Rusia yang menyamar. Dan meskipun mengurangi jumlah hewan hidup di set movie adalah hal yang baik untuk keselamatan mereka, peralihan tiba-tiba ke CGI murni menandai perubahan nyata dari movie sebelumnya. Komik tersebut menghilangkan semua ini (serta kemunculan kembali anjing padang rumput setelah lemari es), alih-alih langsung beraksi dengan Indy dalam tahanan Soviet. Penghapusan anjing padang rumput kecil, tetapi juga menghindari pengaturan nada yang terlalu konyol untuk mengikuti cerita.
Mungkin adegan terkait hewan yang paling banyak dikritik muncul ketika Mutt Williams dari Shia LaBeouf berayun, gaya Tarzan, pada tanaman merambat melalui hutan Amazon bersama pasukan monyet. Apakah itu keputusan sadar atau pencipta perlu memadatkan cerita movie, urutan ini sama sekali tidak ada dalam komik. Pilihan tersebut tidak hanya merampingkan aksi, tetapi juga menghilangkan salah satu momen movie yang paling sulit dipercaya.
